Okay, ich erzähle mal, wie das bei mir läuft.
Start: Eine Grundinstallation von Heroes3 complete. Ob das die Uraltversion ist, die noch den Kopierschutz der CD testet (was manchmal durch neues System oder anderes Laufwerk gar nicht mehr geht), oder die gog-Version, oder sonstwas, ist egal. Es kann sogar einfach eine Kopie von einem alten Rechner sein (das originale Heroes würde dann nicht funktionieren, da du die CD nicht hast, aber das ist egal - die Mods testen keinen Kopierschutz).
Jetzt machst du von dem Original-Heroes3-Ordner Kopien: Für jeden einzelnen Mod (Era, HotA, VCMI) einen, da diese inkompatibel zueinander sind. Die Ordner benennst du nach dem Mod, den du installieren willst, also z.B. H3Era, H3HotA, ...
Danach installierst du die MoDs, und gibst bei der Installation den entsprechenden Ordner für Heroes3 an, also H3Era bei Era, ...
Bei Era kannst du dir wieder einzelne Mods installieren, oder Karten, die H3 völlig umbauen (z.B. von Valery). Dafür gibt es bei Era einen Mod-Manager, in dem du einstellen kannst, welche installierten Mods in welcher Reihenfolge geladen, oder auch nicht geladen werden. Bei den Karten von Valery sollte als einziges nur diese Karte angewählt werden. Willst du stattdessen normale H3-Karten wogifizieren, wählst du die Mods an, die du interessant findest, und wogifizierst irgendwelche Standard- oder User-Karten. Dabei muss man bedenken, dass die unterschiedlichen (WoG/Era)-Mods nicht unbedingt miteinander kompatibel sind, und es eventuell auf die Reihenfolge ankommt, in der die geladen werden. D.h. du musst testen, ob es stabil läuft, oder auf Berichte der Leute, die die Mods geschrieben haben, hoffen. Ich hab hier vor ein paar Jahren mal einen Post gemacht, welche (Era-)Mods in welcher Reihenfolge bei mir funktionieren. Ist aber schon ein paar Jahre her, und inzwischen gibt es sicher neue interessante Sachen mit neuen Inkompatibilitäten.
Edit: Hab mal einen Link dazu rausgesucht.